그의 소년 시절에 관해서는 알려진 바가 매우 적다. 프란체스코는 온화하고 매우 경건한 소년이었다. 그는 저주하는 소리를 들어 넘기지 못했고, 사람들이 경외심 없이 예수님과 마리아님의 이름을 말하는 것을 들으면 금세 눈물이 핑 돌았다. 어려서부터 그는 몸 치대기 놀이는 뒷전이었고, 의례 고독 속에서 기도하기 위해 자리를 뜨기 일쑤였다.

입이 까다롭지는 않았으나 아이는 과수원의 과일이나 어머니가 손수 만들어 주는 과자를 특히 좋아했다. 너무나 가난했기 때문에 과자 따위를 사주지는 못했다.

하느님의 부르심에 프란체스코가 기꺼이 응답했다는 첫 징후는 그의 경건함에서 나타났다. 매우 그리스도적이었던 그곳 농민 사회이기는 했지만 그의 경건함은 유별나서, 열심한 가톨릭 신자였던 부모들 역시 그를 눈여겨보고 있었다. 아무리 바빠도 매일 미사에 갈 시간만은 꼭 만들어 내었던 어머니의 눈에는 특히 그러했다.